Была построена в начале XIX в. на средства жителей Борогонского и Дюпсинского улусов, под руководством головы Борогонского улуса Семена Даниловича Васильева — Уһуктаах Сэмэн (1759-1832), который работал старостой при церкви, его прах позднее был захоронен у ворот церкви.
По архивным источникам в 1801 году при императоре Павле I в строящейся церкви уже велась служба. В 1806 г. Борогонская церковь отмечена как строящаяся. В 1813 г. при императоре Александре I строительство церкви была завершена, затем освящена по благословению епископа Иркутского и Нерчинского Вениамина, протоиереем Якутского Троицкого собора Ф.Амвросовым: 14 июня 1813 г.- первый престол, 16 июня — второй престол имени святого Александра Невского. В храме находился «пожалованный в Бозе почившим Императором Александром Благословенным образ Св. Благоверного Князя Александра Невского», написанный на доске кипарисового дерева в массивной серебряно-вызолоченной ризе. Таким образом, полное наименование церкви – «Борогонская Вознесенская Александро-Невская церковь. К 1826 г. число прихожан церкви составляло 4630 человек.
С 1896 года Борогонская Вознесенская церковь 1805 года постройки перестала функционировать из-за ветхости. В 1895 г. на средства прихожан была построена вторая церковь.